Agios Nikolaos oder Aghios Nikolaos ist eine Küstenstadt auf der griechischen Insel Kreta. Sie liegt östlich der Inselhauptstadt Heraklion, nördlich der Stadt Ierapetra und westlich der Stadt Sitia.
Im Jahr 2011 zählte die Gemeinde Agios Nikolaos, die einen Teil der umliegenden Dörfer einnimmt, 27.074 Einwohner. Die Stadt ist eine Gemeinde der Region Kreta und liegt teilweise auf den Ruinen der antiken Stadt Lato pros Kamara.
Agios Nikolaos wurde in der späten Bronzezeit von dorischen Bewohnern von Lato besiedelt, zu einer Zeit, in der die Sicherheit des Lato-Hügelforts ein geringeres Problem darstellte und der einfache Zugang zum Hafen von Agios Nikolaos an Bedeutung gewann.
Der Name Agios Nikolaos bedeutet Sankt Nikolaus. Die Betonung liegt auf der zweiten Silbe des Wortes «Nikolaos». Agios Nikolaos oder Ayios Nikolaos (alternative Umschrift des Griechischen Άγιος Νικόλαος) ist in Griechenland und Zypern ein gebräuchlicher Ortsname, da der Heilige Nikolaus der Schutzpatron der Seeleute und ganz Griechenlands ist.
In der Nähe der Stadt befindet sich eine archäologische Stätte des antiken Priniatikos Pyrgos. Es scheint zum ersten Mal im letzten Neolithikum, um 3000 v. Chr., Besiedelt worden zu sein. Die Aktivitäten auf dem Gelände dauerten während der minoischen Bronzezeit und der klassischen griechischen und römischen Periode an und erstreckten sich über insgesamt bis zu 4.000 Jahre. Seit 2007 wird Priniatikos Pyrgos von einem internationalen Team unter der Schirmherrschaft des Irish Institute of Hellenic Studies in Athen ausgegraben.